Au début du dix-septième siècle, le clos des Capucins s'appelait le château du Cizerin. Il était alors possédé par François du Faure, président du Parlement de Grenoble. Il vend le clos aux Capucins en 1855. Le bâtiment passe ensuite entre les mains de plusieurs propriétaires au fil des décennies.

Dans la première partie du dix-neuvième siècle, les Capucins étaient bien implantés en Savoie, à Chambéry, Annecy et Montmélian. Ils sont contraints de partir de la Savoie car le gouvernement sarde, régissant la Savoie, mène une politique de persécution contre les ordres religieux. Le 25 juillet 1855, les Capucins de Chambéry sont expulsés de Savoie. C'est le Père Ambroise qui est chargé de rechercher en France un nouveau couvent. il décide de son acquisition.

Les Capucins vont transformer le château en couvent appelé dès lors le Clos des Capucins. A leur arrivée, le château était en mauvais état. La charpente et la toiture du bâtiment principal sont refaites. Des fenêtres sont aménagées. Dès 1856, le Père Ambroise commence la construction de l'église. De style gothique, elle est l'œuvre de Théodore Fivel, architecte mauriennais, auquel on doit de nombreuses églises. En 1858, on construit un étage supplémentaire avec quinze cellules sur ce qui s'appelait l'orangerie. Le couvent devient le plus grand couvent de province avec trente-deux cellules. Devant l'affluence des religieux en provenance d'Italie, on va devoir construire une nouvelle aile. Grâce à un don, deux salles d'étude, vingt cellules, un atelier et un jardin d'hiver sont entrepris.

Vers 1878, la grande évolution vers l'école laïque et gratuite avait déclenché une querelle contre les congrégations. Le président du Conseil, Freycinet, prit un décret le 29 mars 1880 donnant un délai de trois mois aux associations non autorisées pour obtenir l'approbation de leur statut. Les Capucins sont chassés du lieu. Le 1er octobre 1881, ils vont vendre au Marquis de Monteynard les bâtiments pour éviter la saisie.

Durant la guerre, les bâtiments sont réquisitionnés et servent d'hôpital militaire. Après la seconde guerre mondiale, la Communauté se réduit en nombre. Devenu trop grand pour eux, les sept derniers Capucins quittent le couvent en 1972 pour s'installer à Bouquéron sur la commune de Corenc. Ils ont quitté Corenc en 2004 pour Annecy.

La ville de Meylan a acheté le couvent en 1976 en s'engageant à respecter les lieux en souvenir des Pères Capucins. Depuis cette date, les bâtiments abritent différentes associations et accueillent des centres aérés.